作为异于人类的变种生物,师父斯普林特和忍者神龟组成的“龟鼠家庭”一直在下水道过着隐姓埋名的生活。然而四小只却一直向往着外面的世界。当他们得知神秘反派超级苍蝇为非作歹、祸乱城市时,战胜邪恶、主持正义,进而被人类社会接纳的想法油然而生。当他们历尽艰辛,终于追踪到超级苍蝇时,却发现他及其手下同样也是变种生物。不过,遇到同类的喜悦很快被超级苍蝇想要毁灭人类世界的阴谋冲散。面对来势汹汹意欲统治地球的变种大军,四小神龟勇敢迎敌,一场翻天覆地的正邪较量即将上演!然而在一场突如其来的事件中,百医之死的惨案让华符生不得不踏上为自己辩护的征程。更让他意外的是,他的师父遗留下来的信中似乎暗示了神秘的天书的存在,而他自己卷入其中的调查。身边的好友文珏,和顾天也因为不同的原因,而卷入了这场调查。